自費メニューを扱い始めたクリニックが必ず突き当たるのが、保険診療と自由診療をどう分けるかという問題です。「同じ日に両方やっていいのか」「領収書は分けるのか」「カルテはどう書くのか」——判断に迷う場面は多岐にわたります。
本記事では、その根拠となる制度の仕組みから、日々の運用設計まで整理します。
免責：本記事は一般的な情報提供です。制度の詳細・対象範囲・料金は改定され得ます。実務では必ず最新の一次情報（厚生労働省・地方厚生局等）および所管の行政機関にご確認ください。
会計機能そのものの構造的な課題は クリニックの会計機能にイノベーションが必要な理由 で扱っています。
混合診療が「原則禁止」とはどういう仕組みか
まず正確に理解しておきたいのが、混合診療の禁止がどう作用するかです。
よくある誤解は「保険診療と自費診療を同じ日にやってはいけない」というものですが、制度の作用はもう少し具体的です。同一の疾病・負傷に対する一連の診療において、保険診療と保険外の診療を併用した場合、原則としてその診療全体が保険給付の対象外になります。
つまり禁止というより、保険が効かなくなるという形で作用します。本来なら3割負担で済んだ診察・検査・投薬まで含めて、全額が患者の自己負担になってしまう。これが混合診療のリスクです。
制度の趣旨は、国民皆保険の下で必要な医療は保険で受けられる状態を守ることにあります。保険外の負担を無制限に認めると、支払える人だけが良い医療を受けられる構造になりかねない、という考え方です。
例外としての保険外併用療養費制度
とはいえ、保険外の要素を一切認めないと現実の医療は回りません。そこで設けられているのが保険外併用療養費制度です。
厚生労働大臣が定める一定の療養については、保険診療と共通する部分（診察・検査・投薬・入院料など）は通常どおり保険給付を受けられ、上乗せ部分のみを患者が自費で負担するという扱いが認められます。
対象は次の3類型です。
| 類型 | 位置づけ | 例 |
|---|---|---|
| 評価療養 | 将来的な保険導入の可否を評価する段階の療養 | 先進医療、医薬品・医療機器・再生医療等製品の治験に係る診療、薬事承認後で保険収載前の使用 など |
| 患者申出療養 | 患者からの申出を起点に、未承認薬等の使用の可否を個別に検討する仕組み | 患者の申出に基づき実施が認められた療養 |
| 選定療養 | 患者が特別なサービスや選択を希望した場合の上乗せ | 差額ベッド、時間外診療、予約診療、大病院の初診・再診時の定額負担、制限回数を超える医療行為、長期収載品の選択 など |
選定療養の身近な例：長期収載品
クリニックの日常業務に直接関わる選定療養として、長期収載品（後発医薬品のある先発医薬品）の選択があります。
2024年10月に導入された仕組みで、患者が医療上の必要性なく先発品を希望した場合、後発品との薬価差の一定割合を「特別の料金」として患者が負担します。導入時は差額の4分の1でしたが、2026年6月1日からは2分の1相当に引き上げられています。この特別の料金には消費税がかかります。
医療上の必要性がある場合や、後発品の在庫状況等で提供が困難な場合は対象外となります。院内掲示や患者説明の実務は、この区分の判断とセットで整えておく必要があります。
診療報酬改定全体の変更点は 診療報酬改定2026 クリニックが押さえるべき変更点と対応策 で扱っています。
実務で迷いやすい場面
同じ日に保険診療と自費診療を行う
判断の軸は「同じ日かどうか」ではなく、同一の疾病・負傷に対する一連の診療の中で併用しているかどうかです。
明らかに別の疾患・別の目的であり、診療として明確に区分できる場合には、同日に保険診療と自費診療を行うこと自体が直ちに問題になるわけではないと解されています。ただし、区分が明確であること、そして記録・会計の両面でそれが示せることが前提になります。
判断が微妙なケースは実際に多く、また地域の行政解釈によって扱いが分かれ得ます。自院で扱うメニューについては、事前に地方厚生局等へ確認しておくのが確実です。
自費で始めた診療が保険適用になる場合
自費で経過を見ていた患者に保険適用の疾患が見つかる、といった流れは日常的に起こります。この場合、どの時点から保険診療に切り替えるのか、それまでの自費分をどう扱うのかを整理しておく必要があります。切り替えの判断とカルテ記載を対応させておくことが重要です。
保険診療の待ち時間に自費のサービスを提供する
同じ来院機会に別のサービスを提供する場合も、区分の考え方は同じです。目的・記録・会計が分かれていることを示せる状態にしておきます。
運用としてどう分けるか
制度の理解を踏まえて、日々の運用に落とすときの実務ポイントです。
会計を分ける。 保険診療分と自費分は別の会計として処理します。同じ来院でも、それぞれの根拠が異なる以上、金額の内訳が追える形にしておく必要があります。
領収書・明細書を分ける。 保険診療分については、療養の給付に係る様式に沿った領収書・明細書の交付が求められます。自費分はこれとは別に発行します。患者側の医療費控除の観点でも、保険分と自費分が判別できる形で出ておくことが望まれます。
カルテ記載を分ける。 会計だけでなく、診療録上でも保険診療と自費診療の内容が区別できるようにしておきます。指導・監査の場面で説明できるかどうかは、記録の作り方に依存します。
患者への説明と同意。 自費となる部分については、内容と金額を事前に説明し、同意を得た記録を残すことが基本です。選定療養に該当する場合は、料金の院内掲示も必要になります。
院内ルールの文書化。 どのメニューが自費で、どういう場合に保険に切り替わるのか。スタッフによって説明が変わると患者の不信につながるため、判断基準を文書化しておきます。
システムに求められるのは「分けつつ、つなぐ」
ここが本記事の核心です。制度上の要請は分けることですが、経営と患者対応の要請はつなぐことです。この一見矛盾する2つを同時に満たす必要があります。
分ける必要があるもの
- 会計の根拠と金額
- 領収書・明細書
- 診療録上の記載
- 売上の集計区分（非課税／課税）
つなぐ必要があるもの
- 同一患者としての情報（保険で診た患者と自費で診た患者が別人として管理されては困る）
- 診療の経過（自費で見ていた経緯が保険診療の判断材料になる）
- 患者あたりの価値（保険と自費を合わせて初めて経営実態が見える）
- 予約枠（同じ診療枠を取り合う以上、一元管理でなければ運用できない）
ここで、多くのクリニックが取っている「自費は別システム」という構成の問題が明確になります。別システムは分けることには成功しますが、つなぐことに失敗します。患者台帳が分かれ、経過が追えず、経営数値が分断される。
逆に、区分の概念を持たない単一システムに無理やり載せれば、つながるけれども分けられない。どちらも要件を満たしません。
必要なのは、同一の基盤上で、保険と自費を明確に区分して扱えるという設計です。
| 構成 | 制度上の区分 | 患者情報の一元管理 | 経営数値の把握 |
|---|---|---|---|
| 自費を別システム | ○ | ✕ | ✕ |
| 区分のない単一システム | ✕ | ○ | △ |
| 区分を持つ一体型 | ○ | ○ | ○ |
ポテックが開発する「AIカルテ」は、自費メニューの料金設定や会計に対応し、保険診療と一元管理できる設計としています。自院で扱う自費メニューの区分要件に対応できるかは、個別にご確認いただくことをおすすめします。
まとめ
- 混合診療の禁止は「やってはいけない」ではなく、併用すると診療全体が保険給付の対象外になるという形で作用する
- 例外が保険外併用療養費制度で、評価療養・患者申出療養・選定療養の3類型がある
- クリニックに身近な選定療養として長期収載品の選択があり、特別の料金は2024年10月の導入時の差額4分の1から、2026年6月1日以降は2分の1相当に引き上げられた
- 判断の軸は「同じ日か」ではなく、同一の疾病・負傷に対する一連の診療で併用しているか
- 運用では会計・領収書・カルテ記載・説明と同意を分け、判断基準を文書化する
- システム要件は「分けつつ、つなぐ」。自費を別システムにすると分けられてもつながらない
AIカルテの詳細やデモをご希望の場合は お問い合わせ からご連絡ください。