「クリニックはインボイスの登録が必要なのか」「自費診療があると登録しないといけないのか」「取引先の企業から登録番号を聞かれたが、どうすればよいか」。院長・事務長・経理を担当する医療事務の方から、よく聞かれる疑問です。
結論を先にいえば、インボイス発行事業者の登録は任意で、患者さん向けの診療だけであれば、登録が必要になる場面は多くありません。一方で、企業から健康診断を受託している、法人と契約している、といった事業者向けの課税売上があるクリニックは、検討が必要です。本記事では、国税庁と日本医師会の公表資料にもとづき、判断の軸と、令和8年10月1日から変わった経過措置を整理します。
免責: 本記事は2026年10月30日時点の公表情報にもとづく一般的な情報提供です。個別の税務判断（登録の要否、課税・非課税の区分、申告方法）を断定するものではありません。実際の判断は、顧問税理士または所轄の税務署にご確認ください。
まず整理：保険診療は非課税、課税になりうるのは一部の自費
消費税は、取引ごとに課税か非課税かが決まります。国税庁の「非課税取引」の説明（No.6201）では、健康保険法や国民健康保険法などによる医療、労災保険や自賠責保険の対象となる医療などが非課税とされています。同じ説明の中で、美容整形、差額ベッドの料金、市販されている医薬品の購入は非課税取引にあたらないとも明記されています。
国税庁の質疑応答事例でも、国民健康保険の資格証明書で受ける診療のように窓口負担が大きくなる場合でも、国民健康保険法にもとづく診療であれば非課税（消費税法別表第一第6号）と整理されています。
| 区分 | 消費税の扱い（国税庁の説明にもとづく整理） |
|---|---|
| 健康保険法・国民健康保険法などによる診療 | 非課税 |
| 労災保険・自賠責保険の対象となる医療 | 非課税 |
| 美容整形、差額ベッド料、市販薬の購入 | 非課税にあたらない（課税） |
| 上記以外の自費メニュー（健診、予防接種、診断書など） | 内容により異なる。顧問税理士に確認 |
最後の行は、自費メニューごとに非課税か課税かが分かれうるため、本記事では断定しません。自費の会計を保険と分けて管理する考え方は、保険診療と自由診療の会計を分ける実務も参考になります。
インボイス登録は「任意」：国税庁の判断軸
国税庁の免税事業者向けリーフレット（令和8年4月改訂）は、登録の要否について、次の点を踏まえて検討するよう案内しています。
- 登録を受けるかどうかは事業者の任意である
- 売上先が消費者、免税事業者、簡易課税制度または2割特例・3割特例で申告する課税事業者であれば、インボイスは必要とされない
- 上記以外の課税事業者である売上先は、仕入税額控除のためにインボイスを必要とする
- 登録を受けると課税事業者となり、消費税の申告納税の義務が生じる
- 登録を受けない場合、インボイスは交付できないが、課税事業者となる必要はない
これを診療所の取引に当てはめると、次のような整理になります（制度の一般論であり、個別の判断ではありません）。
| 売上先 | 主な取引の例 | インボイスの必要性の考え方 |
|---|---|---|
| 患者さん（消費者） | 保険診療、美容・自費メニュー、市販薬等の販売 | 消費者はインボイスを必要としない |
| 企業・法人（課税事業者） | 従業員の健康診断の受託、法人契約の自費メニュー | 相手が仕入税額控除のためインボイスを求める可能性がある |
| 自治体・保険者 | 委託された健診事業 | 相手や契約形態により異なる（後述の日医資料を参照） |
日本医師会の整理：事業者向けの課税売上があるかが分かれ目
日本医師会が公表している「消費税インボイス制度への対応について」（日医ONLINE、2023年10月5日掲載）では、次のような整理が示されています。
- 健診などの課税売上があり、売上の相手先が課税事業者である場合は、インボイス対応が必要になることがある
- 医療機関が課税事業者であれば、相手から求められた際にインボイスを発行する
- 医療機関が免税事業者の場合、相手先から登録の要請や対価の見直しの協議があれば、応じるかどうかを医療機関が検討する
課税売上が1,000万円以下の免税事業者が、課税事業者からインボイスを求められた場合の選択肢として、同資料は次の3つを挙げています。
- 課税事業者に転換し、インボイスの登録を受けて発行する（負担を試算したうえで医療機関ごとに判断）
- 免税のままインボイスを発行せず、価格交渉で一定額を値引きする
- 免税のままインボイスを発行せず、値引きにも応じない（企業から従業員健診を受託している場合などは、取引を失う可能性がある）
なお同資料は、取引先が登録を要請すること自体は問題ない一方で、応じないことを理由に一方的に価格を引き下げるような対応は、独占禁止法などに抵触しないよう注意が必要としています。
免税事業者かどうかの確認：基準期間の課税売上高
登録するかどうかの前に、自院が今、消費税の課税事業者か免税事業者かを確認します。国税庁のNo.6501によると、基準期間（個人事業者はその年の前々年、1年決算の法人は前々事業年度）の課税売上高が1,000万円以下の事業者は、原則として納税義務が免除されます。
ただし、次のような場合は免除されません。
- インボイス発行事業者の登録を受けている
- 特定期間（個人事業者は前年1月1日〜6月30日など）の課税売上高が1,000万円を超える（給与等支払額による判定も可能）
- 課税事業者選択届出書を提出している
- 新設法人で、期首の資本金が1,000万円以上である場合など
保険診療は非課税なので、課税売上高の多くは自費診療や企業向けの取引になります。自院の「課税売上高」がいくらかは、会計上、保険分と自費分を分けて集計できているかに左右されます。
登録した場合の影響：申告義務と「2年間」の制約
国税庁のリーフレットによると、登録した場合は次の点に注意が必要です。
- インボイスを交付できる一方、消費税の課税事業者となり、申告納税の義務が生じる
- 免税事業者が登録を受けた場合、登録を受けた日から2年を経過する日の属する課税期間の末日まで、免税事業者になれない
「登録してみて、負担が大きければやめる」という運用はすぐにはできない、という点が実務上の注意点です。
令和8年10月1日から変わった経過措置
国税庁の「令和8年度税制改正特集」によると、インボイスに関する経過措置は、令和8年10月1日から次のように変わりました。
免税事業者等からの課税仕入れ（7・5・3割控除）
インボイス発行事業者以外からの課税仕入れについて、仕入税額の一部を控除できる割合は次のとおりです。
| 期間 | 控除できる割合 |
|---|---|
| 令和8年10月1日から2年間 | 70% |
| 令和10年10月1日から2年間 | 50% |
| 令和12年10月1日から1年間 | 30% |
| 令和13年10月1日以降 | 0% |
改正前は、令和8年10月から3年間50%とし、その後0%とする予定でしたが、適用期限が延長され、割合も見直されました。また、同一の免税事業者等からの課税仕入れ（税込）が年間（または事業年度）1億円を超える場合の超過部分は適用できない（改正前は10億円）とされています。
診療所自身は、保険診療が非課税のため、仕入れにかかる消費税を控除できる範囲が限られる場合があります。この措置が実際に効くかどうかは、自院の課税売上割合や申告方法によって変わるため、顧問税理士に確認してください。
2割特例と3割特例
登録を機に免税事業者から課税事業者になった事業者向けの負担軽減措置も変わっています。
| 特例 | 内容 | 期間・対象 |
|---|---|---|
| 2割特例 | 納付税額を売上税額の2割とできる | 令和8年9月30日の属する課税期間まで（個人事業者は令和8年分の確定申告まで） |
| 3割特例 | 納付税額を売上税額の3割とできる | 個人事業者のみ、令和9年分・令和10年分の確定申告。基準期間の課税売上高1,000万円以下などの要件あり。法人は対象外 |
つまり、医療法人など法人のクリニックが今から新たに登録する場合、2割特例も3割特例も使えません。個人開業のクリニックでも、3割特例は令和9年分・10年分に限られます。登録の損得を試算するときは、こうした特例が使えない前提で計算する必要があります。このほか、基準期間の課税売上高が5,000万円以下などの事業者は簡易課税制度を選べます（事前の届出が必要）。
インボイスを発行する場合の実務
国税庁のリーフレットによると、インボイスに決まった様式はなく、現在使っている請求書や領収書に不足している項目を追加すれば足ります。必要な記載事項は次の6つです。
- インボイス発行事業者の氏名または名称、および登録番号
- 取引年月日
- 取引内容（軽減税率の対象品目である場合はその旨）
- 税率ごとに区分して合計した対価の額（税抜きまたは税込み）および適用税率
- 税率ごとに区分した消費税額等
- 書類の交付を受ける事業者の氏名または名称
クリニックで確認しておきたい点は次のとおりです。
- 事業者向けの請求書（健診の請求書など）と、患者向けの領収書で、様式を分けるかを決める
- 保険診療の非課税分と、課税される自費分が同一の会計に載る場合に、区分して表示できるか
- 登録番号を請求書テンプレートに反映できるか（電子カルテや会計ソフトの出力設定）
- 請求書の控えを保存する運用（紙・電子）
判断のためのチェックリスト
- 売上の相手先に、企業・法人など課税事業者はいるか（健診受託、法人契約など）
- 患者向けの取引のみの場合、取引先から登録を求められていないか
- 自院は現在、免税事業者か課税事業者か（基準期間の課税売上高、登録の有無）
- 課税される自費メニューの範囲と金額を、保険診療と分けて集計できているか
- 登録した場合の納税額の試算（法人は2割・3割特例が使えない前提）
- 登録後2年間は免税に戻れない点を理解したうえで判断しているか
- 登録する場合、請求書・領収書の様式と電子カルテ・会計ソフトの設定を確認したか
よくある質問
Q. 患者さん向けの自費診療だけなら、登録は不要ですか。 A. 国税庁のリーフレットは、売上先が消費者であればインボイスは必要とされないと整理しています。登録は任意です。ただし、自費診療の課税売上が年間でどの程度か、取引先に事業者がいないかは、自院で確認してください。
Q. 登録しないと、患者さんに不利益はありますか。 A. インボイスが必要になるのは、仕入税額控除を受ける事業者側です。患者さんが個人であれば、診療の領収書にインボイスが必要になる場面は通常ありません。個別の確認は税務署または税理士へ。
Q. 取引先の企業に登録を求められました。応じるべきですか。 A. 応じるかどうかは医療機関の判断です。日本医師会の資料が示す3つの選択肢（登録する、値引きで対応する、応じない）を、取引額と登録後の納税負担を試算したうえで比べるのが現実的です。
まとめ
- 保険診療は消費税の非課税取引。美容整形、差額ベッド、市販薬などは非課税にあたらない
- インボイス発行事業者の登録は任意。売上先が消費者のみなら、インボイスは必要とされない
- 企業健診など事業者向けの課税売上がある場合は、取引先の要請と登録後の負担を試算して判断する
- 登録すると申告義務が生じ、免税事業者が登録した場合は2年間免税に戻れない
- 令和8年10月1日から、免税事業者等からの仕入れの控除割合は70%に。2割特例は終了し、3割特例は個人事業者の令和9・10年分のみ
会計・請求書の運用でお困りのときは
インボイス対応は、請求書や領収書の様式だけでなく、保険分と自費分を分けて記録できるかという、電子カルテ・会計の運用そのものに関わります。自費メニューの設計は自費診療メニューの価格設定、キャッシュレスの導入はクリニックのキャッシュレス決済ガイド、回数券・コース契約の会計は回数券・コースの会計処理、自費中心のクリニックのシステム選びは自費クリニックの電子カルテ選定も参考にしてください。ポテックでは、診療所の電子カルテ・会計運用に関するご相談をお受けしています。お気軽にお問い合わせください。
参考・出典
- 国税庁「No.6201 非課税となる取引」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6201.htm
- 国税庁「No.6501 小規模事業者に係る納税義務の免除」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6501.htm
- 国税庁質疑応答事例「自己の負担で行う保険診療」 https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shohi/07/01.htm
- 国税庁「令和8年度税制改正特集（インボイス制度）」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice-review/index.htm
- 国税庁リーフレット「免税事業者の皆様へ インボイス制度について」（令和8年4月改訂） https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/0022001-174.pdf
- 日本医師会「消費税インボイス制度への対応について」（日医ONLINE、2023年10月5日） https://www.med.or.jp/nichiionline/article/011313.html